و جدده السلطان المنصور لاجين في العصر المملوكي  
وأتمه سنة 265 هجرية = 879م
مسجد ابن طولون هو مسجد أقامه أحمد بن طولون عام 263 هـ. أنفق أحمد بن طولون 120 ألف دينار في بنائه، وقد اهتم بالأمور الهندسية في بناء المسجد. مئذنة المسجد هي أقدم مئذنة موجودة في مصر. يعد مسجد ابن طولون المسجد الوحيد بمصر الذى غلب عليه طراز سامراء حيث المئذنة الملوية المدرجة. قام السلطان لاجين بإدخال بعض الإصلاحات فيه، وعين لذلك مجموعة من الصناع، كما أمر بصناعة ساعة فيه، فجعلت قبة فيها طيقان صغيرة على عدد ساعات الليل والنهار وفتحة، فإذا مرت ساعة انغلقت الطاقة التى هى لتلك الساعة وهكذا، ثم تعود كل مرة ثانية. وفي عهد الأيوبيين أصبح جامع ابن طولون جامعة تدرس فيه المذاهب الفقهية الأربعة، وكذلك الحديث والطب إلى جانب تعليم الأيتام. طولون هو أحد المماليك الأتراك الذين أهداهم عامل بخارى إلى الخليفة المآمون، و خدم في البلاط العباسى حتى بلغ مصاف الأمراء، ونشأ ابنه أحمد بن طولون - نشأة الأمراء. فلما تولى باكباك إمارة مصر من قبل الخليفة العباسى أناب أحمد عنه في ولايتها فقدم إليها سنة 254 هجرية = 868م ، ثم حدث أن تولى مصر حميه الأمير ماجور بعد وفاة باكباك فأقره على ولايتها. وكانت ولاية بن طولون على مصر أول الأمر قاصرة على الفسطاط فقط ، أما أمر الخراج فكان موكولا إلى ابن المدير ، فما زال أحمد يوسع في نفوذه حتى شمل سلطانه مصر جميعها ، وتولى أمر الخراج وتوسع حتى الشام و برقة مؤسسا الدولة الطولونية التى حكمت مصر من سنة 254 إلى 292 هجرية = 868 إلى 905م وتوفى سنة 270 هجرية = 884م وتأتي أهمية أحمد بن طولون من أنه تتمثل فيها النقلة التى انتقلتها مصر من ولاية تابعة لـ الخلافة العباسية إلى دولة ذات استقلال ذاتى.

البناء
إلا أن أهم إصلاح أدخل على الجامع هو ذلك الذى قام به السلطان حسام الدين لاجين سنة 696 هجرية = 1296/ 97م فقد أنشأ :
و للسلطان لاجين قصة رواها السيوطي في كتابه التاريخي : حسن المحاضرة في أخبار مصر القاهرة ، مفادها أن لاجين كان أحد المماليك الذين قاموا بقتل الملك الأشرف خليل بن قلاون ، و من ثم أخذ مماليك و حلفاء الأشرف في طي البلاد بحثا عنه ليثأروا ... فما كان من لاجين إلا ان احتمى في منارة هذا الجامع الذي كان قد هجرته الناس.. و تحول إلى مربط للخيل.. و مكانا للمسافرين ، و ينذر على نفسه نذرا إن مرت هذه المحنة بسلام ، فسيتكفل بتجديد و إعمار المسجد مرة أخرى. و تدور الأيام و يتولى لاجين عرش مصر، و يسمى بالمنصور، فيوفى بنذره، و يعيد إعمار الجامع بعد خرابه بأكثر من ٤٠٠ عام ، فنذر له المال و الأوقاف و بلّطه ، و بنى ميضأة، و جعل فيه كتاب لتعليم الأطفال و زرع حوله البساتين .. و أزال الخراب من حوله متكلفا مالا جما . بحسب السيوطي

- القبة المقامة وسط الصحن عوضا عن القبة التى شيدها الخليفة الفاطمى  : العزيز بالله سنة 385 هجرية = 995م و التي كان قد أقامها بدلا من القبة الأصلية التى احترقت سنة 376 هجرية = 986م.
- المئذنة الحالية ذات السلم الخارجى .
- المنبر الخشبى .
- كسوة الفسيفساء والرخام في المحراب الكبير .
- قاعدة القبة التى تعلو هذا المحراب .
- العديد من الشبابيك الجصية ،
- محرابا من الجص مشابها للمحراب المستنصرى بالكتف المجاورة له ،
- سبيلا بالزيادة القبلية و قد جدده قايتباى فيما بعد.